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pymolの画像をwaifu2xで高解像度化する
いや出力時に解像度調整しろよ、というツッコミはごもっともです。ただ輪郭線の問題を超えれなかった。
もっと素直なやり方をご存知の方はここなどで教えていただければ幸いです。
極小ネタですが、メモ。
結果
こういう感じ
PyMOLで輪郭線ありの絵を出す
分子構造を描画するとき、みなさん固有の流儀めいたものがあると思います。 私は図を作るとき、PyMOLでアニメ風というかなんというか、平面的な感じにするのが好きです。 基本はこういう感じです。
そのため色々パラメタを変えるのですが、自分的に重要なのが輪郭線です。
つまり
set ray_trace_mode , 1
などとします。これで輪郭線が表示されます。
…ですが、このようにして出した輪郭線は、出力画像サイズによって幅が変化します。これだと「いい感じの太さの輪郭のまま解像度高くして出力」ということができないので困ります。
例えば1200x1200だとこういう感じになります。
輪郭が！細い！
set ray_trace_gainとかで線幅が変えられるっぽいですが、余計な線が出現したりして、狙った通りにやるのは難しい。いい加減疲れるので、別の方法を考えることにしました。
waifu2x
waifu2xを使用します。有名な超解像システムです。線画的な分子画像なら、特にうまく動いてくれると期待されます。今回はバッチで処理したいのもあり、ローカルで動かせるようにしました。設定はgithubで説明されている通りで、問題なく完了しました。
結果
300x300の画像が丁度いい輪郭の太さになったので、これを2回拡大しました。
思惑通り、うまく動いています。すごい。
これで輪郭太めな立体構造画像を大きなサイズで好きなだけ作れるようになりました。ありがたいことです。
ただ元画像から謎の変換をかけているので、研究発表などに使うときは、何か変になってしまっていないかよくチェックする必要があるかと思います。
以下の画像は1MBNですが、97残基目のHISの側鎖stickと後ろのsphereの溝部分の前後関係が少し怪しくなっています。
それにしても色が派手。
以上、小ネタでした。
使ったソフト
- waifu2x
- pymol