Written by Koya.S
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PyMOLでMICANする🍊

PymolからMICANを使えるようにしたら楽しい。

MICAN

Micanというのは構造重ね合わせソフトの一つです。残基番号の順序によらない柔軟な構造重ね合わせができるところが良いです。いつもはコマンドラインから使ってます。

Pymolから呼ぶ

なんとなくmicanをPymolから呼べるようにするスクリプトを作りました。

micanpymol

超初歩的なやつですが、pymol上でインタラクティブにmicanを動かせるのは楽しいかと思います。あと、部分構造に重ね合わせることができるのが地味に自分としては便利です。

使い方

まずpymolを起動して、適当に構造を読み込みます

pymol protein1.pdb protein2.pdb

スクリプトを読み込みます。いつも使うならpymolrcに書いておきます。

run micanpymol.py

micanをリバース強制で実行して、アラインメントの様子をalign.txtに出力

mican protein1, protein2, -R -a align.txt

micanにPATHとおってないと動きません。pymolの起動の仕方によってはterminal上でPATHが通っててもダメなことがあるので、スクリプト内部のmicanと書いてあるところをフルパスにするとかして下さい。

またmicanの-oオプションはスクリプトの内部で使ってるので渡せないようにしてあります。

Reference

🍊< これオレンジに見えませんか

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